Il nome di Favignana deriva dal latino favonius (favonio), termine con il quale i romani indicavano il vento caldo proveniente da ovest. Il paese di Favignana, il centro abitato, sorge tuttora intorno ad un'insenatura naturale dove è stato costruito il porto, sulle cui sponde sono presenti gli edifici delle antiche tonnare Florio.
I fenici la chiamavano Katria, i latini Egate, i greci Aegusa (l'isola delle capre) per la quantità di capre selvatiche che pascolavano nell'isola. Ma, oltre alle capre, una volta nel territorio isolano c'erano altri animali selvatici come i conigli e gli asini.
L’isola di Favignana è passata alla storia come uno dei luoghi più amati dai Florio, la nota famiglia di imprenditori calabresi che, nel corso del XIX secolo, grazie alla Compagnia di Navigazione, alla produzione di vino e olio, al commercio e alla lavorazione del tonno rosso e del pesce azzurro sott’olio, diventarono i signori più potenti di tutto il Mediterraneo.
I più frequenti visitatori dell'isola furono Ignazio Florio Junior e la moglie, Donna Franca, che giungevano nell'isola a bordo dei loro lussuosi yacht, per assistere alla mattanza o per godere dello splendido mare dell'isola di Favignana e di una natura selvaggia e incontaminata unica nel suo genere.
Prevalentemente brulla, l'isola si estende per 19 km², per una lunghezza di 9 km e una larghezza di 4.
Formata dal Bosco e dalla Piana, l'isola di Favignana è tuttora divisa in queste due parti grazie ad una montagna di origine calcarea che si adagia sul mare come una farfalla...
Il punto più alto dell'isola è infatti Santa Caterina a 310 metri sopra il livello del mare, in cima alla montagna, dove risiede un castello incantato illuminato a giorno anche la notte.
